古代常用的丹砂、硃砂或石硃砂，學名硫化汞（HgS），其色澤豔紅、美麗。新石器時期的仰韶文化層和龍山文化層裡均發現「塗朱」（硃砂）遺物。從商朝開始，丹砂被用作顏料。
硫化汞 圖源：見水印
1973 年，長沙馬王堆漢墓出土的帛書中的《五十二藥方》，是現已發掘的中國最古醫方，其中有四個藥方應用了汞，例如用丹砂、雄黃混合，治療疥瘡等症。
丹砂加熱就可以釋放出汞。汞是常溫下唯一呈液態的金屬，東方稱之為水銀，而西方稱之為「快銀」（qicksilver）。
這種金屬吸引了人們。古代煉丹士希望通過汞的煉製，得到長生不老藥。東晉葛洪（283—363）花了很多時間鍊汞燒丹，並在《抱朴子》一書記載了汞的提煉方法。
因為汞能溶解黃金等金屬製成「汞齊」，所以古人使用汞，從河流的沉積物中提取黃金。汞溶解黃金後，又可以通過蒸餾回收。
9 世紀左右，阿拉伯醫生就用汞與動物脂混合，製作成軟膏，治療皮膚和眼睛感染。而西歐通過十字軍東征，引進了這種藥物。
在黑死病暴發的時候，無計可施的醫生們「祭出」了水銀燻蒸療法，讓人呼吸水銀蒸氣來對抗黑死病。
帕拉塞爾蘇斯本名霍恩海姆（Hohenheim）。他年輕時（1507 年起）與一些同伴在全歐洲遊學，據說到過巴塞爾大學、圖賓根大學、維也納大學、維滕堡大學、萊比錫大學、海德堡大學和科隆大學等，不過，結果卻讓他很失望。他認為大學沒有自己想要學的東西，「一個醫生，要做一個旅行者。知識就是閱歷……」。帕拉塞爾蘇斯認為，客棧老闆、理髮師和馬伕的粗俗語言比亞里士多德、蓋倫和阿維森納（Avicenna，980—1037）的枯燥的經院哲學更有意義和常識。
帕拉塞爾蘇斯
1516 年左右，他開始使用帕拉塞爾蘇斯（Para-Celsus，Para 指超過）這一名字，因自詡超過了古希臘百科全書式的學者奧利烏斯·科內留斯·塞爾蘇斯（Aulus Cornelius Celsus，前 25—50，居住於羅馬城）。
帕拉塞爾蘇斯把化學和醫學結合起來，他還發現了鋅（稱之為劣等金屬），他和追隨者們傾向於使用淨化藥物，特別是汞、銻、鐵、砷、鉛、銅及其鹽類和硫等礦物質，代替傳統的複雜草藥製劑。
帕拉塞爾蘇斯正式給酒精（alcohol）命名，還發現鴉片易溶於酒精。他製成的「朗德姆鴉片酊」長期佔據藥典的重要位置。
帕拉塞爾蘇斯重視化學勝過數學，重視實用化的定量，輕視抽象幾何的證明。更重要的是，他把功利的鍊金行為提升到哲學層面。帕拉塞爾蘇斯主張三要素理論，認為人體中起作用的三要素是：硫、汞、鹽，它們分別對應著人的精神、靈魂（給肉體活性的東西）、肉體。
從帕拉塞爾蘇斯開始，汞的地位不斷提高。汞本來是鍊金術中的七種金屬之一（金、銀、汞、銅、鉛、鐵、錫）。而鍊金術士們漸漸確信汞超越了固態和液態、塵世和天堂、生命和死亡。汞的符號也用來表示占星術中同名的行星——水星（Mercury）。這種金屬通常也用蛇來表示。
鍊金術的推廣不會引發太多汞中毒事件。汞的大面積應用，是因為梅毒的流行。15 世紀末，梅毒在歐洲流行開來，最先被稱為「高盧病」，後來有學者稱其「源自美洲」，並從美洲找到了靈藥愈創木脂（也稱「聖木」）。晚期梅毒病人的皮膚大面積潰爛，帶給社會恐慌，汞之類的礦物藥物被確立為梅毒的標準治療方法。
帕拉塞爾蘇斯是汞治療梅毒的積極提倡者，他寫了多本關於梅毒的書，其中認為汞比愈創木脂治療梅毒更有效。但他知道汞的毒性作用，據他所說，汞是疾病的源頭，當它在體內被外界熱量「攪動」時，有三種反應是可能的：蒸餾、昇華或沉澱，不同的反應，產生不同的症狀。
帕拉塞爾蘇斯專門寫了一整本專著來研究汞。他描述了幾種汞中毒症狀，如震顫（「顫抖而不感到寒冷」）、胃腸道紊亂、口腔感染、牙齒髮黑。他還提出一種汞中毒的治療方法，把病人浸泡在一個熱的草藥浴盆中，熱使水銀移動，以便從身體中排出。所以，帕拉塞爾蘇斯發明了一種汞外用製劑治療梅毒，以免除口服汞劑量過大而引發的毒性。
鍊金術顛覆了希臘以來人工物和自然物之間明確的界限，而鍊金術士也從一開始的追尋財富，逐漸轉為哲學實踐。許多科學家為了尋找世界的本源，或者再現「創世之始」而走上鍊金術之路。
牛頓 圖源：見水印
科學家牛頓就是著名的一員，他曾於 17 世紀 90 年代一度沉迷鍊金術的研究。牛頓年輕時以光學研究成名。於 1665 年發表《顯微術》（Micrographia）的羅伯特·胡克（Robert Hooke，1635—1703）是光學領域的權威，擅長機械工程，發明了真空泵、反向望遠鏡等，還發現了以他名字命名的彈性定律。
在光學理論方面，牛頓和胡克產生了一些爭議，所以在 1675 年，牛頓寫了一封信給胡克。信中首先讚美了勒內·笛卡兒（René Descartes，1596—1650）與胡克在光學方面的研究成果，緊接著，又寫了句傳頌久遠的名言：我之所以看得更遠，是因為站在巨人的肩膀上。
1686 年，牛頓發表《原理》這一鉅著，揭示數學微積分及天體運行規律。他在書中驕傲地宣稱：「運用這一原理，我在此展示這個世界體系的框架。」不過，牛頓拒絕在這本書中承認胡克在引力定律中的貢獻（胡克曾經寫信與他探討引力問題），兩人從此交惡。
牛頓為了進一步尋求天體運動的動力本源，大量涉獵玄學領域，並於 1692 年開始，沉迷於鍊金術研究。據一份牛頓手稿顯示，他所嘗試的一項試驗是通過汞製作「哲理石」（philosophers′ stone，也翻譯為魔法石、賢者石）。在鍊金術士心目中，哲理石可以把金屬轉化為黃金，或者可以製作延長壽命的藥物，是鍊金事業的「最高峰」。
牛頓的研究記錄包括對重金屬的氣味和味道的描述，表明他親自口服、品嚐過。就在他進行鍊金術實驗期間，牛頓開始表現出精神疾病的症狀，包括失眠、偏執、慢性消化不良、抑鬱，以及在信件中的各類不良情緒的宣洩。
並且，牛頓與胡克有矛盾，與戈特弗裡德·威廉·萊布尼茨（GottfriedWilhelm Leibniz，1646—1716）更引發著名的「微積分」最先發現權屬糾紛。在胡克、萊布尼茨去世後，牛頓對兩人仍是不斷抨擊。後來，通過對牛頓的屍體頭髮檢查，發現其中的汞、鉛和其他有毒金屬已達到危險水平。據此推測，這些爭論有可能是汞中毒引發的長期心理變化的結果。
多弗粉劑這種鴉片製劑的發明者多弗在晚年出版了一本專著，稱讚水銀是萬能的良藥，並提倡單獨用金屬汞治療疾病，從而又讓他獲得了「水銀醫生」（Quicksilver Doctor）的稱號。對出現皮膚潰爛的梅毒晚期病人的治療，多在皮膚瘡口塗上汞軟膏。因為汞的劑量高，吸收入體後會有唾液增多的副作用，就被人認為「疾病的發酵物在病人口腔中溶化成唾液流出」。多弗的老師、醫學權威西德納姆也相信汞可以通過誘導大量唾液來治癒梅毒。
而汞的嘔吐、腹瀉等副作用，也被醫生認為是在排出有毒的體液。即使在 19 世紀中葉，倫敦另一位著名的醫生、藥理學先驅喬納森·佩雷拉（Jonathan Pereira，1804—1853）仍將其描述為療效的指標。
直到 1905 年植物學家弗裡茨·裡夏德·紹丁（Fritz Richard Schaudinn，1871—1906）和皮膚病醫生埃里克·霍夫曼（Erich Hoffmann，1868—1959）分離出導致梅毒的「梅毒螺旋體」，汞治療梅毒的副作用才被認為是汞中毒。
貝爾納迪諾·拉馬齊尼（Bernardino Ramazzini, 1633—1714）被認為是職業醫學的開創者，他認為汞是造成多個職業健康損害的元兇。
阿拉伯鍊金術士賈比爾·伊本·哈揚（Jābir ibn Hayyan，721—815）在 800年左右發現了氯化汞（mercury（Ⅱ）chloride，mercuric chloride）這種化合物。出身法學世家的英國藥劑師約翰·高蘭（John Gowland，？—1766）以氯化汞為主要成分，發明了「高蘭的潤膚液」（Gowland′s Lotion）這種藥，風靡歐美，用於一切皮膚病，特別是青春痘。因為該產品加熱會升華，也稱昇汞（corrosive sublimate）。
賈比爾·伊本·哈揚 圖源：見水印
傑勒德·範·斯維登（Gerard van Swieten，1700—1772）出生於萊頓，於1745 年成為瑪麗亞·特雷莎（Maria Theresa，1717—1780，神聖羅馬帝國皇后，匈牙利和克羅埃西亞女王）的私人醫生和顧問。他支持大學改革，改善醫院，邀請重要的醫學專家到維也納，並被視為維也納醫學「老學派」的創始人。他還是法院圖書館的館長。作為啟蒙運動的代表人物，範·斯維登在反對迷信、破除吸血鬼神話方面發揮了重要作用。
不過，範·斯維登引入了劇毒的氯化汞作為梅毒的治療方法，他一直很好奇汞治療產生的唾液是否是梅毒治療的必要組成部分。為了解決這個問題，他合成了一些汞化物，配製了 0.1% 氯化汞溶液以便口服。
1881 年，羅伯特·科赫（Robert Koch，1843—1910，1905 年諾貝爾生理學或醫學獎獲得者）報告說，低濃度氯化汞能夠有效摧毀在體外檢測到的大多數微生物，此後，範·斯維登的溶液和其他類似的配方又成為消毒劑。科赫認為，作為消毒劑，氯化汞比苯酚更有效。苯酚消毒是約瑟夫·李斯特（Joseph Lister，1827—1912）研究的成果。科赫的這一判斷，導致更多汞類化合物殺菌劑的研究。羥汞甲基苯甲酸鈉（afridol violet）、硫柳汞（merthiolate）和汞溴紅（mercurochrome）先後被推向市場。
1889 年，約翰斯·霍普金斯大學（Johns Hopkins University）的艾拉·雷姆森（Ira Remsen，1846—1927）發現了一種紅色染料酚磺酞（phenolsulfonphylayin），他的同事約翰·雅各布·埃布爾（John Jacob Abel，1857—1938）等發現，酚磺酞幾乎完全通過腎臟排出體外。有醫生把它當作一種抗感染藥，治療泌尿道感染。
後來當地的企業漢森韋斯科特和鄧寧公司（Hynson, Westcott & Dunning,Inc.，HWD）把酚磺酞當作一種染料推向市場。該公司的化學家經過修飾後，得到含汞化合物——汞溴紅，於 20 世紀 10 年代作為消毒劑推向市場。1938 年後，FDA 把它歸為「一般認為安全」類別，可以作為非處方藥銷售。新中國成立後，我國長期使用這一產品，稱其為紅藥水。1998 年 FDA 又認定它需要按新藥類別申報，由於成本太高，在美國撤市。
另外，含汞軟膏自中世紀開始使用，就出現在所有主要藥典中，就連青黴素問世後，它們也沒有退出市場，1959 年的英國藥典中還包括了含 30% 金屬汞的軟膏。
1608 年，法國醫生讓·德·勒努（Jean de Renou，1568—1620）合成了氯化亞汞（mercurous chloride），他在汞的硝酸溶液中加入一種鹽，得到氯化亞汞沉澱。一年後，奧斯瓦爾德·克羅爾（Oswald Croll，1563—1609，德國鍊金術士、馬堡大學醫學教授）在自己著作中，推薦口服氯化亞汞消除身體的異味（當時西方流行不洗澡）。後來，它被稱為甘汞（calomel），這一名字是由法國醫生、化學家泰奧多爾·蒂爾凱·德·馬耶恩（Théodore Turquet de Mayerne，1573—1655）命名的，來源於 kalos（希臘語表示美麗）和 melas（希臘語表示黑色，其加入苛性鹼後會形成黑色粉末）。
馬耶恩原本是法國亨利四世（Henry Ⅳ，1553—1610）的御醫，但他熱衷於化學療法，主張用銻和汞治療疾病，激怒了巴黎醫學界，被迫前往英國，成為英王詹姆斯一世的御醫。他認為甘汞這種幾乎不溶於水的白色無味粉末是其他汞製劑的「替代者」，可以治療多種疾病。經他的推薦，甘汞很快成為 17 世紀最常開的藥之一。它後來成為治療梅毒的主要藥物之一，並被用作瀉藥（口服）。
很多人認為，嬰兒食慾降低、四肢疼痛是由出牙引起的，甘汞被用於解決這一問題，一款名為「斯蒂德曼的粉劑」（Steedman′s Powders）的藥品中含有26.3% 氯化亞汞。但它會引起粉紅色疾病（pink disease），以掌心和腳掌呈粉紅色為特徵，會發熱、失眠、嗜睡、失去知覺。該病也稱「紅水腫」，於 1885 年被報道，長期找不到病因。
1948 年，奧地利科學家約瑟夫·沃考內（Josef Warkany，1902—1992）在美國辛辛那提大學醫學院研究了粉紅病兒童的尿液，發現含有汞。雖然許多醫生表示懷疑，但當甘汞從出牙粉配方中去除後，粉紅病的發病率明顯下降這證實了他的觀點。20 世紀 50 年代，含汞的出牙粉陸續撤出市場。
1810 年，英國化學家漢弗萊·戴維（Humphrey Davy，1778—1829）說明了甘汞與昇汞的化學組成，但這不妨礙汞製劑的繼續流行，更多無機水溶性汞鹽也被引入醫學領域。直到 20 世紀 60 年代，含有硝酸汞的軟膏一直用於治療皮膚病，包括溼疹、牛皮癬和梅毒疣等。氰化汞的稀溶液被認為比氯化汞的溶液刺激性小，儘管作為消毒劑的效果也可能會降低。
另一種流行的鹽是紅色的碘化汞，一種天然存在的礦物，通過添加等量的碘化鉀形成碘化汞鉀。「吉爾伯特的糖漿」（Gilbert′s Syrup）含有 0.05% 的碘化汞，可與碘化鉀混合，用於治療梅毒。直到 1949 年，含有高達 2% 碘化汞的軟膏仍保存在法國藥典中，用於治療癬疾。並且氧化亞汞的稀溶液仍被用來洗眼治療結膜炎，因為它們被認為比氯化汞溶液刺激性小。
在 19 世紀 80 年代，科學家們嘗試用有機汞來降低汞的毒性，例如通過緩慢釋放汞有機絡合物中的汞離子。這是當時為數不多的藥物設計方法之一，例如水合氯醛和氨基甲酸乙酯的引入，被設計用作「緩釋型」氯仿和乙醇。
在灑爾佛散這種可注射的砷劑藥物之後，競爭的企業也上市了一些可注射的有機汞劑。1917 年，拜耳公司推出了拿佛色羅（merbaphen，商品名Novasurol，含苯環、甲基的有機汞劑），同樣用於治療梅毒。
